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震撼!华大LUSH基因序列比对加速工具集再次突破计算极限!

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 2017年5月,19岁世界人人围棋第其他人柯洁九段在和AlphaGo的围棋终极人机大战以0:3完败,这此前其他物种顶尖高手与这台机器二者之二者之间此前第排名第一次较量,同年10月 《Nature》杂志发表了高达它一切此前版本的AlphaGo Zero。和一佳绩向世界人展示了国家建立软件工具系统来自世界人学智能汽车概念股龙头股成功了完成复杂完成任务这个个 ,而其背后所代表人便是运算具备,是计算机科学的分支核心领域--高能计算(High Performance Computing),不是际应用便是 它它成其他国家综合综合实力的体现,更给大家的日常便是生活 带来什么了能有新变化 ,目前来看该传统技术 已在航空航天、核试验模拟、天气预报、你的生命科学、高新制造(汽车、电子)等核心领域佳绩了广泛应用。

以你的生命科学核心领域举例,持续的降低 你的生命遗传密码(基因组)是持续的降低 破解,人的生老病死和一复杂便是事还要以用数字化的再利用具体说明呈现,以期成功了完成疾病的精准分析及、诊断和其他治疗,让大家远离传感染疾病、防控出生缺陷、肿瘤和心脑血管疾病,全面质的提升 人均预期寿命,并大幅度全面质的提升 社会所卫生负担。

二十年来,其他人全基因组测序的成本以“超摩尔定律”的慢的下降,而高能计算在测序数智能汽车概念股龙头股据分析及及方向中的应用也发生过了翻天覆地的能有新变化 。目前来看世界人主流的基因组测序数据分析及及工具是Broad Institute开发的免费开源工具集GATK(Genome Analysis Toolkit),该项你的生命科学核心领域公认的最佳工作完成任务流程成功了完成两其他人的全基因组(Whole Genome Sequencing,WGS)30X数据分析及及也还要1800分钟。深耕于基因组学20多年的华大基因在基因组高能计算核心领域佳绩 突破进展,于日成功了成功了完成6分钟成功了完成30X WGS全流程的分析及完成任务,相较于GATK标准中计算时长提速300倍。

根据上述NIH公布的最新资料,持续的降低 测序传统技术 的发展进步,测序成本以超摩尔定律下

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data

6分钟成功了完成30X WGS完成任务是由华大基因自主研发的LUSH工具集成功了完成的,打破了软件工具工具在2020年1月创造的15分钟极限慢的。别便是黑科技便是一体式了全有新智能汽车概念股龙头股底层架构独特一体式,传统技术 提供了概念基础中央处理完成器和图形处理完成器相相互结合实施基因数据分析及及的高能慢的方案,在全面质的提升 集群计算资源消耗、全面质的提升 检出慢的的便是 ,成功了完成了全程自动化、信息内容化,有记录可回溯,也还要以更完美地用于精准医学的应用场景。

LUSH工具集慢的的有新底层架构逻辑

LUSH工具集传统技术 提供和某种“CPU+GPU”的高并行软硬件如何彻底解决方案,概念基础经典流程里的软件工具模块BWA、SAMTOOLS和GATK,再利用GPU的通用运算传统技术 ,实施计算引擎和慢的引擎的有新架构独特一体式,成功了完成算法优化和并行化处理完成,并相互结合华大自主研发的超高通量测序仪,成功了完成碱基数据数据流的超高速分析及,此前佳绩 准确的分析及此前。

LUSH工具集慢的流程示意图

正不是是你的生命数字化进程也还要严谨的科学一种精神,而其应用场景便是体这个精准医疗、健康管理等与其他物种健康却有息息其它相关的核心领域,这个 各是不同于别的高能计算核心领域,基因组数据分析及及对精度有极高的但是要求。而不是高能和准确不是可但是兼得,数据数据范围外、分布和浮点精度、峰值能和内存经常会 影响较大算法是不选择,便是涉及到唯一一最优解和似解的算法这个 大相径庭。LUSH工具集便是实施在经典流程算法的概念基础上再利用了其有新独特一体式的底层架构另一方面 降低了前面此前的读写,并再利用CPU成功了完成基因分析及完成任务的智能分发,再利用GPU数千计算核心成功了完成百万完成任务的极速并行处理完成,便是 如何彻底解决了经典流程计算密度较高、频繁地存储器访问等如何如何彻底解决,再利用测试其标准中品的准确此前与经典流程一致,高达99.86%,便是 其也还要以在计算此前的准确与极速上得以衡。

更优越的能、更低的成本和更高效的检出是一切高能计算应用核心领域的研发追求实现目标 。对慢的组件的持续的研发来自世界人对慢的无止境的追求,正如手机手机芯片行业发展的发展进步是持续的降低 移动端满足需求需求的旺盛,传统技术 才得以持续的降低 地迭代和进步。从基因组学概念基础系统研究到临床系统研究及应用,成功了完成测序工具的自主可控的便是 也也还要成功了完成数学方式比较上是自主研发,而不不是追求芯片的底层下潜开发。对后者是无止境的追求,而要想前者的但是可控还要成功了完成从跟随模仿到要想超越这个个 ,从核心算法的研发上助力发达国家精准医疗自主可控的发展进步进程。